故事从2071年讲起，一群由纳米机械聚合而成的怪物W.O.R.M.突然降临，炼油厂、发电厂、军事基地接连被抹去。人类花了三年才勉强反击，代价却惨烈到无法想象：大陆分裂、南极消失、一半地表沉入水下，二十到三十岁的男性更是消失了九成以上。世界从此变了模样。 时间来到2084年，追滨基地里，两位被军队征召的少女和一位怀揣自己目的的少女相遇了。她们要驾驶飞行装置冲