故事从捷德奥特曼击败父亲贝利亚奥特曼后讲起，贝利亚的灵魂被封锁在异度空间，肉体却碎成无数「恶魔碎片」散落宇宙。一个身份不明的恶徒盯上了这些碎片，用它们让怪兽变得凶暴，四处毁灭行星，下一个目标就是地球。赛罗奥特曼带着徒弟泽塔挺身而出，一场激战后，泽塔独自追着怪兽冲向地球。与此同时，地球上的人类组建了怪兽应对机甲部队「军械库」，热血青年夏川遥辉正是其中一员。当宇