故事里，小智带着皮卡丘和伙伴们一路前行，途中遇到了少女麦亚丽，她身边跟着一只会制造时空圆环的宝可梦胡巴。这只小家伙能带着大家在不同地点来回穿梭，给旅途添了不少惊喜。他们来到沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦，这里曾因一场宝可梦战争变成干涸之地。麦亚丽与哥哥巴尔扎汇合后，事情急转直下——巴尔扎竟得到了封印着可怕怪手的瓶子，误打误撞间封印被解开，曾经终结过这座城市的怪兽重