故事发生在战国时代，乱太郎出生在世代都是平忍者的家庭，父母盼着他成为一流忍者，于是把他送进了忍术学园。在这里，他遇见了堺市豪商的儿子新兵卫，还有在战乱中失去父母却依然顽强活着的雾丸。学园里的学生都被叫作“忍蛋”，是一群正在成长的小忍者。 忍术学园里热闹得不行，神秘的天才忍者学园长坐镇，身边围着一群个性十足的老师和高年级生，隔壁“女忍者教室”的女孩子们也不好