2031年，次世代能量装置「量子反应堆」暴走，闪光从地底蔓延，吞噬楼群、覆盖大地。超越生物、机械、植物的未知进化体B.R.A.I就此出现，人类文明濒临灭亡。七年过去，翔龙重生为绝对防卫都市「新翔龙」，以惊人速度进化成对抗B.R.A.I的最后要塞。被命运牵引的雷昂、可依、坤灵、道格在此集结，防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦将他们迎入麾下，特殊部队「潘多拉」正式诞