故事紧接《倾物语》。阿良良木历与忍野忍结束时间跳跃回到当代，把遗落在自己家的背包还给八九寺真宵后，路上突然遭到不明物「暗」的袭击。千钧一发之际，斧乃木余切出手相救。在「叡考塾」废墟中，小忍向历讲起四百年前在日本与第一任眷属相遇、以及被「暗」袭击的往事。 但危机远未结束。历再次遭遇「暗」，并与小忍失去联系。在神秘的卧烟伊豆湖帮助下，他得知「暗」的正体是追杀偏