故事从韦小宝帮天地会打退清兵开始，他稀里糊涂被派进宫，成了个假太监。没想到跟少年皇帝康熙不打不相识，两人竟成了莫逆之交。等韦小宝知道对方是皇上，已经晚了，只能硬着头皮帮康熙铲除奸臣，一路混成宫中红人。后来他无意中发现太后是神龙教假扮的，目的是盗取藏着清朝秘密的四十二章经，赶紧上报。康熙在他的协助下救出被囚禁十多年的真太后，韦小宝又巧设妙计让顺治和康熙父子团聚