宇宙世纪223年，地球环境已经恶化到让人类难以生存的地步。在宇宙殖民地盖亚，年轻的女科学家辛西娅为了研究改善地球环境的方法，与朋友一起冒险潜入地球。然而她刚踏上地面，就被地球议会军以「镇压侵入者」的名义逮捕。议会军MS驾驶员马克在回收事故坠海的MS后返回基地，亲眼目睹了这场师出无名的抓捕，心中升起疑虑，于是暗中协助辛西娅逃走。 与此同时，马克在地球议会军情