故事里，咖宝指挥官田小咖身边多了一群像水晶一样灵巧又聪明的新伙伴——水晶咖宝。与此同时，升级了水晶能量的老咖宝也重新归队，两支力量汇合，让守护的阵容更加强大。然而麻烦从没停过：盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙轮番把目标对准动物，自然环境也因为人类的不当行为伤痕累累。捣蛋家族和黑心外星人更是不肯消停，用各种手段制造混乱，城市里的大小危机一桩接一桩。