故事得从纽约市地下水道说起。一家工厂泄漏的有毒化学物质顺着水流淌进下水道，四只平凡的小海龟被泡了个透，结果基因突变，成了能直立行走、能说会道的人形海龟——米开朗基罗、达芬奇、拉斐尔和多纳泰罗。同一批化学物质还让一位忍术高超的日本忍者斯普林特变成了一只人形老鼠。斯普林特干脆当起了师傅，教四只海龟忍术和功夫，下水道成了他们的训练场。电视台记者范宝儿和爱玛也卷了进