故事发生在1999年，长野县长野市松代的皆神山上，有一所怪事接连不断的私立学院。因为那些无法解释的现象，周围的人都叫它「超自然学院」。学院的校长和学生们日夜研究这些谜团，直到校长去世，他的女儿神代玛雅接任了位置——而玛雅偏偏是个极度讨厌「超自然」的人。就在她试图用理性眼光审视一切时，一个名叫内田文明的年轻人出现了，他来自2012年。两个立场完全相反的人，被迫