故事里，被称为「舰娘」的少女们继承了昔日舰艇的灵魂，是唯一能与来自海底的异形敌人「深海栖舰」对抗的存在。然而，深海栖舰以压倒性的数量不断进攻，舰娘们或受伤或倒下，战局日益倾斜。在这样的背景下，驱逐舰「时雨」被分配到了新舰队——第一游击部队第三部队（1YB3H）。但这支舰队堪称「拼凑」：配备在后方的旧式战舰「山城」和「扶桑」，唯一的航空巡洋舰「最上」，以及四艘