故事里最戳人的，是工藤新一从高中生侦探一夜变成小学生的反差。那天他与毛利兰在游乐园游玩，发现两个行动诡异的黑衣男子，跟踪后被灌下名为「APTX4869」的神秘毒药。药物副作用让他身体回到孩童状态，为了不牵连身边的人，他化名江户川柯南，寄住在毛利兰家中。 柯南用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，再用蝴蝶结变声器模仿他的声音进行推理，解决了许多案件。