故事从C.E.70年说起，地球联合与Z.A.F.T.因经济摩擦走向全面战争。中立卫星赫利奥波利斯上，工业大学学生基拉·大和过着普通日子，直到ZAFT军突袭抢夺高达。混乱中，基拉被迫进入驾驶舱，凭借过人天赋启动机体，却惊觉对面阵营里站着的是童年好友阿斯兰·萨拉。曾经的玩伴，如今隔着炮火相望。战火将更多少年卷入：芙蕾、卡嘉莉、拉克丝……每个人都在挣扎中做出选择。