故事发生在东西冷战延续170年后的未来，世界被割裂成东部与西部两个对立面，双方长期对峙，空气里全是紧绷的火药味。在这种极度紧张的状态下，秘密谍报组织“Zero zero机关”悄然运转，组织用00号码来称呼间谍部队中那些人工控制机械人——他们是被改造过的特工，也是被编号的武器。 主人公米蕾奴·霍夫曼就是其中一员，她属于00号码间谍“9小组”，代号009-1。