故事发生在1992年，日本政府在筑波设立国际哥斯拉对策中心，世界各地的科技精英汇聚于此，合力研发一部足以对抗哥斯拉的终极武器——机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团前往亚度诺亚岛执行任务，在那里发现了一枚完整无缺的巨蛋。这枚蛋究竟蕴藏着怎样的秘密，成了牵动整个故事的关键。 当考察团将蛋带回京都，飞翼龙拿顿突然出现，对一行人发起猛烈攻击。几乎同一时间，哥斯拉也