故事要从贝利亚奥特曼被打败说起。捷德奥特曼击败父亲贝利亚后，贝利亚的灵魂被封锁在异度空间，但肉体却碎成无数碎片散落宇宙，人们叫它「恶魔碎片」。一个身份不明的恶徒盯上了这些碎片，用它们让怪兽变得狂暴，四处毁灭行星，宇宙陷入危机，而下一个目标就是地球。赛罗奥特曼带着徒弟泽塔挺身而出，激战之后，泽塔独自追着怪兽来到地球。 地球这边，人类早就组建了对抗怪兽的防卫军