日暮戈薇是个15岁的国中女生，某天她从家中神社的枯井意外坠入500年前的战国时代。那里妖怪横行、狼烟四起，她在御神木上遇见了被封印的半妖犬夜叉。50年前，犬夜叉为了变成真正的妖怪，接近灵力强大的巫女桔梗，两人渐生情愫。犬夜叉想为她变成人类，桔梗也打算净化四魂之玉后回归平凡。可盗贼鬼蜘蛛将灵魂献给妖怪，转生为邪恶的半妖奈落，他挑拨离间，让犬夜叉被封印，桔梗重伤