故事发生在2369年，深空九号本是卡达西人占领贝久后建造的采矿太空站，资源被掏空后卡达西人拍拍屁股走人，贝久人无力重建家园，只好向星际联邦求助。于是这座太空站由联邦与贝久共同管理，更名为「深空九号」，成了联邦最偏远的据点。第一集里，太空站附近突然发现一个稳定虫洞，能迅速往返遥远的Gamma象限——这发现瞬间让深空九号从鸟不拉屎的边陲变成最有价值的商业中心和军